Geologický odbor
BA – Bratislava, BB – Banská Bystrica
- Laboratórium elektrónovej mikroanalýzy (EPMA) (BB)
- Laboratórium elektrónovej mikroskopie (SEM) (BB)
- Laboratórium geofluíd a mikrotermometrie (BB)
- Laboratórium separácie minerálov a prípravy vzoriek (BB)
- Laboratórium izotopovej a organickej geochémie (BB)
- Laboratórium paleolimnológie (BB)
- Laboratórium práškovej rtg. difrakcie (BA)
- Laboratórium prípravy vzoriek (BA)
- Laboratórium röntgenovej fluorescenčnej spektrometrie (BB)
- Laboratórium röntgenovej mikrotomografie (BB)
- Laboratórium rtg difrakčnej analýzy materiálov (BB)
- Laboratórium vibračnej spektroskopie (BB)
Geofyzikálny odbor
- Meteorologické observatórium Stará Lesná
- Meteorologické observatórium Skalnaté Pleso
- Geomagnetické observatórium Hurbanovo
- Paleomagnetické laboratórium
- Geomagnetické observatórium Šrobárová
- Laboratórium impulzných magnetických polí Trenčín
- Slapová stanica Vyhne
- Národná sieť seizmických staníc + Dátové a analyzačné centrum NSSS